علامه طهراني که در نجف اشرف خدمت مرحوم آيت الله سيد علي آقا قاضي رفت و آمد داشتند سفارشاتي را از ايشان نقل کرده اند. علامه طهراني مي‌فرمايد: روزي در حرم مطهر حضرت علي بن موسي الرضا(ع) پس از انجام زيارت و خواندن نماز زيارت در سمت پشت سر نشسته بودم و اتفاقا در جنب من جناب محترم حجه الاسلام آقاي علامه لاهيجاني انصاري – دامت برکاته – نشسته بودند؛ و در آن مکان مقدس ذکر مرحوم قاضي آقاي حاج ميرزا علي آقا آن فقيه و عارف عاليقدر اسلام به ميان آمد؛ و چون جناب ايشان خدمت آن مرحوم در نجف اشرف رفت و آمد داشتند جملاتي را نقل کردند که بسيار شايان دقت است: از جمله آنکه آن مرحوم مي‌فرمودند: در يک مسجد هميشه نماز نخوانيد، به مساجد ديگر نيز برويد! و هر جا ديديد حال پيدا کرديد تغيير دهيد! و از اين مسجد به مسجد ديگر انتقال يابيد و خلاصه آنکه توقف در يک مکان بي مورد است؛ و بايد دائما دنبال حال بود و از هر جا به جاي ديگر منتقل شد و هر جا حال بهتر بود آنجا را انتخاب نمود، اگر در مسجد کوفه نشد به مسجد سهله برويد و اگر در سهله نشد به مسجد کوفه برويد و هکذا.

و از جمله آنکه : انسان هيچ وقت نبايد مايوس شود؛ و از ديرکرد نتيجه نبايد دست از کار سير و سلوک بردارد؛ زيرا ممکن است کسي با ناخن زمين را به تدريج بخراشد؛ و سپس ناگهان به اندازه گردن شتر آب زلال و روان جاري شود و از جمله آنکه “مرحوم قاضي” مي‌فرمود : من کان همه الله، کفاه الله في جميع همومه؛ کسي که اهتمام او در مقصدش خدا باشد، خداوند کفايت امر او را در جميع مقاصد و شئونش خواهد نمود. و از جمله آنکه : روزي از ايشان پرسيدم که در مواقع اضطرار و گرفتاري چه در امور دنيوي و يا در امور اخروي و در بن‌بست کارها به چه ذکر مشغول شوم تا گشايش يابد؟"مرحوم قاضي” در جواب فرمودند: پس از پنج بار صلوات و قرائت آيه الکرسي، در دل خود بدون آوردن به زبان بسيار بگو : « اللَّهُمَّ اجْعَلْنِي فِي دِرْعِکَ الْحَصِينَةِ الَّتِي تَجْعَلُ فِيهَا مَنْ تَشاء» تا گشايش يابد «بار پروردگار من! مرا در حصن و پناهگاه خود و در جوشن و زره محکم قرار بده! در آن چنان جوشني که کساني را که بخواهي قرار مي‌دهی….